1、股权价值波动下的市场风险
股权设质如同股权转让，质权人接受股权设质就意味着从出质人手里接过了股权的市场风险。而股权价格波动的频率和幅度都远远大于传统用于担保的实物资产。无论是股权被质押企业的经营风险，还是其他的外部因素，其最终结果都转嫁在股权的价格上。当企业面临经营困难出现资不抵债时，股权价格下跌，转让股权所得价款极有可能不足以清偿债务。虽然法律规定质物变价后的价款不足以清偿债务的，不足部分仍由债务人继续清偿。但是，由于中小企业的现实状况，贷款人继续追讨的成本和收益往往不成正比。
2、出质人信用缺失下的道德风险
所谓股权质押的道德风险，是指股权质押可能导致公司股东“二次圈钱”，甚至出现掏空公司的现象。由于股权的价值依赖于公司的价值，股权价值的保值需要质权人对公司进行持续评估，而未上市公司治理机制相对不完善，信息披露不透明，同时作为第三方股权公司不是合同主体，质权人难以对其生产经营、资产处置和财务状况进行持续跟踪了解和控制，容易导致企业通过关联交易，掏空股权公司资产，悬空银行债权。
3、法律制度不完善导致的法律风险
现行的股权质押制度因存在诸多缺陷而给质权人带来如下风险:一是优先受偿权的特殊性隐含的风险。股权质押制度规定的优先受偿权与一般担保物权的优先受偿权不同，具有特殊性。当出质公司破产时，股权质权人对出质股权不享有对担保物的别除权，因为公司破产时其股权的价值接近于零，股权中所包含的利润分配请求权和公司事务的参与权已无价值，实现质权几无可能。二是涉外股权瑕疵设质的风险。我国《外商投资企业法》规定，允许外商投资企业的投资者在企业成立后按照合同约定或法律规定或核准的期限缴付出资，实行的是注册资本授权制，即股权的取得并不是以已经实际缴付的出资为前提，外商投资企业的股东可能以其未缴付出资部分的股权设定质权，给质权人带来风险。
股权质押融资风险的防范：
针对上述股权质押融资活动中的一些风险主要可从以下两方面着手建立有效的风险防范机制，不但可以规避股权质押融资过程中的风险，还能大力促进股权质押融资的良好发展。
1、加强对质押权的审查
在办理股权质押融资时，一方面应对借款企业及被质押股权所在公司状况进行严格审查。充分分析公司的管理水平、财务状况、市场竞争力、发展前景和产权是否明晰等，对融资目的和投资项目进行科学论证，预测借款人未来偿债能力和股权质押的实力，通过有效审查，鉴别出有实力的企业和有价值的股权。另一方面审查是否违反股权转让的限制性规定。如借款人为公司股东时，股权设质是否经全体股东过半数同意;如借款人为公司发起人之一，应审查其股份设质时公司成立是否已届满三年。
2、加强对出质公司的监督
融资杠杆平台对于股权质押融资来说，仅仅是监督和限制贷款单位的清偿能力来控制风险是不够的。要保证出质股权的保值和增值，防范股权出质的道德风险，对股权被质押单位的经营行为进行适当监督和限制是必要的还需要股权出质时的金融机构、出质人以及被出质股权的企业共同协商签订相关的合同，完善合同文本，实现对中小企业经营管理的持续性监督，提高银行放贷积极性和主动性，进一步解决中小企业融资难的问题。
中小企业发展中必然会面临外部融资，中小企业充分利用其股权进行质押融资实盘查询，不但可以节省融资成本、降低融资风险，还可以充分认识到其股权价值，同时注意防范股权质押融资过程中的风险，如此可形成良性循环，在利用股权进行融资的同时还能提升其股权价值，对中小企业来讲，股权质押融资是一个好的融资手段。
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